Năm 1592 khi Mạc Mậu Hợp thất thế, ông thu thập tàn quân chiếm cứ vùng Thanh Lâm và xưng vua ở Nam Giản thuộc Chí Linh, Hải Dương, lấy niên hiệu Bảo Định thứ nhất (1592).

Mạc Kính Chỉ xưng Hoàng đế được tôn thất nhà Mạc hưởng ứng, lập bản doanh triệu tập quần tụ, được các đại thần văn võ còn xu hướng với nhà Mạc tôn phú, quân binh lên tới hàng vạn. Mạc Kính Chỉ sắp đặt các đại thần theo một triều đình có đầy đủ văn võ, cắt đặt các quan chức trong ngoài.